在农村两兄弟的户口已经分开，但是住房在一起，是可以要求另建的。根据我国《土地管理法》第六十二条的相关规定，农村实行“一户一宅”的宅基地政策，就是说一个村集体成员户，可以使用和占有一处宅基地。俩兄弟户口已经分开，就是两个村集体成员户，可以享有两处宅基地。
如果你说的住房在一起，指的是在一个宅基地上面盖起来的房子，然后上下分层住在一起的，那如果你们又重新扩建，或者是重新建高，再分成，应该是可以的。也就是说，在你们原来住的地方把房子推倒重建，然后两兄弟再分配。这种做法是可以的，但这个地方的宅基地的所有权呢？就是房子的使用权，是由两兄弟共有的，以后如何分配是需要协商好。但这种做法呢？可能以后会存在一些隐患。
以农村一户一宅来讲，兄弟分户了，是可以申请新的宅基地，不过能不能申请下来，就要看当地每年建房指标有多少个名额了，还要看自己家庭分户以后，实际的住宅面积究竟够不够用。
