《动物管理局》是否有第二部官方并没有给出准确的答案，不过从剧中所留下的伏笔来看，该剧是有第二部的，毕竟很多事情都没有交代清楚，结局过于草率，所以一定会有第二部的。
《动物管理局》结局是圆满的，郝运与吴爱爱在一起了，吴爱爱最终放下对性别的顾虑，与郝运走到了一起，两人也算是经历过生死的人，所以很珍惜和彼此在一起的时光，除了两人的感情线交代的比较清楚，其他地方有很多漏洞，也因此为第二部埋下伏笔。
首先该剧并没有说明朱雀有没有死，也没有说明结局牵走四爷的陌生人是谁，除此之外，吴爱爱究竟会成为男人还是女人也没有交代清楚，所以说有很多伏笔，这些伏笔都有可能在第二部为观众一一解开。
结局时，唯一能够确定的就是郝运是朱雀之子，郝运的身份一直都蛮神秘的，众人对其充满好奇，而在结局时，四爷告知郝运的身世，听到自己悲惨的过去，郝运差点黑化，好在有吴爱爱的呼唤，郝运才没有走上歧途。
