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扁平疣病毒主要通过直接接触传染，也可通过污染器物感染损伤皮肤而间接传染。另外，外伤也是引起传染的重要因素，还有患者自身抓挠皮肤，也会导致自身接种感染。
扁平疣是一种DNA病毒，是人类乳头病毒引起的一种人体表皮赘生物，人是它的唯一宿主，宿主细胞是皮肤和粘膜上皮细胞，病毒存在于棘层细胞中，并可促使细胞增生活跃形成疣状损害。
中医认为，扁平疣是多由肌肤腠理不密，风热邪毒侵入体内，或体内肝虚血燥，筋气不荣，气血不和，热毒外发郁积皮肤而发病。
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